中国科学院上海巴斯德研究所病原诊断技术研发中心（Pathogen Diagnostic Center, Institut Pasteur of Shanghai, Chinese Academy of Sciences）（以下简称诊断中心）成立于2010年3月，是中科院上海巴斯德所重要的转化研究中心之一。诊断中心以服务公众健康为使命，利用上海巴斯德研究所在传染性疾病研究领域的技术优势，通过与国家和地方疾病预防控制部门、巴斯德所国际网络和相关企业的相互合作，进行重要传染性疾病监测和鉴定的技术研发和技术储备，为我国传染性疾病防控和应急处置能力的提升作出贡献。
诊断中心主要有四个方面的职能：应用基础研究、分子诊断技术研发、技术平台及对外技术服务。目前拥有三名研究员、一名客座研究员和一批以硕士、博士为主的核心科研团队，拥有较为完善的技术平台。中心组织架构图如下：
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研究方向
1.病原体诊断技术研发
新型核酸诊断技术开发
新发和突发传染病的分子诊断技术和试剂盒研发
常见病原体耐药基因的分子诊断技术和试剂盒研发
常见病原体免疫诊断技术和试剂盒研发
2.应用基础研究
1）生物信息学
利用高通量测序技术鉴定共生病毒和分析算法
病毒突变与病毒耐药的关联分析
组学数据整合和荟萃分析算法研究
生物系统网路研究
2）分子流行病学和病毒进化
3）新发传染病病原体分离鉴定
科研项目：
十二五国家科技重大专项“上海市传染病病原谱规律研究”课题(2012ZX10004211-002)， 2012-2015
十二五国家科技重大专项“重大传染病应急处置检测技术平台”课题(2013ZX10004-101-005)， 2011-2015
国家自然科学基金-面上项目“灵长类慢病毒Vpx基因获得和丢失机制的研究”（81271888）， 2013.1-2016.12
中国博士后基金“人类全基因组分析平台的构建”（117805），2012.8-2014.7
上海市公共卫生重点学科 卫生微生物学12GWZX0801 2012-2013
技术平台
1. 高通量测序平台
上海巴斯德研究所病原诊断技术研发中心的Roche 454高通量测序平台，配备有包括GS Junior测序仪1台(35 million high-quality, filtered bases per run)，Agilent 2100核酸检测仪1台，Nanodrop核酸定量分析仪1台，ABI PCR仪2台，Eppendorf PCR仪2台，HP Z600工作站1台和其他常用分子实验室小型设备，可进行针对各种微生物病原体的Deep sequencing和De novo sequencing.
Deep sequencing利用特异性引物建库，对样本中目标区域的所有片段进行测序，适用于发现基因组罕见变异位点、同一population中各种变异类型和所占比例等，可用于药物靶点、疫苗的抗原变异分析等研究。De novo sequencing则是利用随机引物建库，对所有核酸片段测序((100,000 shotgun, 70,000 amplicon)，然后将得到的序列拼接，和已知序列比对，鉴别样本中的未知病原体以及混合感染。
根据起始核酸种类（RNA/DNA）和建库方法的不同，我们将提供不同的服务和收费标准。
2. 生物芯片平台
上海巴斯德研究所病原诊断技术研发中心的生物芯片平台配备有Digilab PixSys™ SQ Serie点样仪，Digilab Hyb4杂交仪和Agilent 高分辨率芯片扫描仪，目前生物芯片平台正开展呼吸道病毒检测芯片研发项目，生物芯片平台建设和对外服务正在积极拓展中。
3 样品库
上海巴斯德研究所病原诊断技术研发中心先后从ATCC引入了26株标准细胞株和82株病毒参考株，建立了常见呼吸道病毒和中枢神经系统病毒细胞培养及自主分离培养体系。诊断中心还积极与哨点医院进行合作，开展呼吸道病毒症候群临床样品库建设，现已收集2600份左右急性呼吸道感染病人的临床标本，其中约三分之一经多重PCR验证为阳性样品。
技术服务
1. 高通量测序服务；
2. 常见病毒（例如常见呼吸道病毒等）检测服务
3. 基因的SNP（耐药、疾病相关、肿瘤靶向治疗的药物基因组学）检测服务
4. 芯片定制服务；
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