中国病毒学论坛|我们一直在坚持!

标题: 如何用Graphpad Prism5快速做出符合SCI投稿要求的统计图 [打印本页]

作者: 满清帝国    时间: 2015-5-13 08:52
标题: 如何用Graphpad Prism5快速做出符合SCI投稿要求的统计图
来源:医学生学术

$ m2 u% E5 ]" q4 I9 n5 Y
  您还在为做统计图头痛不已吗?还在一边抱怨excel怎么这么笨却又不想从零开始学习那些复杂的统计作图软件吗?有没有什么解决的办法呢?
  `4 J% ~0 T; v8 V3 F/ B' c/ z
  小编发现GraphPad Prism不仅简单易学而且可以搞定大部分医学研究所需的统计与作图,所以今天总结了几种常用统计图的做法,教您轻松快速地做出漂亮的统计图,您只需花很少的时间看完这个教程就可以彻底摆脱excel笨拙的作图功能了。

2 d. J! ^: z3 Y! t
——正式开始——
" \$ P9 \! k* x" p
1. 折线图

! e+ b3 p( T6 F# e
  折线图最为统计图中很常见的一类图,它的特点是可以显示随时间而变化的连续数据,因此每个数据点都有一个相应的X轴值和Y轴值,所以我们在用graphpad做折线图时在数据表类型的选择上一般选XY图(XY graphs)。如下文实例。
& N6 ~* d/ B1 J( z
1.1 根据Table1的1组原始数据(4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图

5 l* S9 u. n& n0 s. O
Time (days)
OA
0.
0.942
0.846
0.691
0.515
4.
0.717
0.836
0.653
0.483
24.
0.408
0.367
0.342
0.231
48.
0.451
0.409
0.335
0.196

1 ]- }  ]+ n1 C" E7 {& D
  打开Graphpad prism 5软件,选择XY图(XY graphs),折线图图标,因为是原始数据,需要软件帮你计算均值和误差,因此你要告诉软件你的Y值的样本数是多少,这边的样本数是4,因此我们把样本数设为4,如下图:
7 O! O% L3 y6 C% C9 c# H3 a5 `  r( {

% [" m8 P9 G, g; T) M  ~% x2 g
4 l, Q- z5 c" e5 g
  在Data分栏中将数据粘贴进去,如下图
6 n) ]/ G8 [. r

6 j6 h4 T1 M9 ^4 m) M2 @+ ~
2 x9 K) S& C/ H5 M9 ]! H
  软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好折线图,把字体和坐标轴方向改成你想要的格式后,如下图一幅漂亮的折线图就做好了,简单吧?
1 o* `7 X/ s: }, q, q! M. r

+ o6 S( Y6 f- `' K% D  W0 w% o% B
1.2 根据Table2的原始数据(治疗组和对照组的4个样本在4个时间点分别测得的OA值)做折线图

& V& i. a- A1 t. ~1 p4 s* P1 q( F

/ ^/ i0 C7 g  ?# ]* J( S; }
; c1 S0 [4 D5 M
  打开insert 菜单的New Data Table功能,加入一张新的数据表,见下图

, p* T/ A$ J9 j5 U+ h
# A3 U( O0 e0 v+ F
4 K$ J- W2 f0 G. X8 P& m6 ~
  仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件样本数是4
" v9 j! z5 l9 @  Y
# |; X, k- r8 [- S# x( t( Z2 w* k
* j1 X/ m. v5 R1 J, ~
  在Data栏中输入数据
6 Y7 @: l7 E  t8 @

1 W% v. g; T. `6 Q/ s
# I3 W5 X; [& p: R' s2 |1 t
  软件已经自动帮你把图做好了,稍微美化后得下图:

: {( e# `2 d5 m4 i3 b8 B
% ^( q5 J% e1 W( C4 W5 |
) @% p. `1 w' P+ C, D8 o6 s! R
1.3 用已经处理好的1组数据做折线图

* t2 r, i* T! v! Q- Y
  如果你的数据是用其他软件(excel,origin,etc..)已经处理过的,Graphpad prism也可以帮你完成剩下的作图工作,你只需告诉软件你输入的数据是已经计算好的就行了,比如你想用Table3的1组数据做折线图
+ n4 X: ~5 ?/ L3 @. z
Table3
Time (days)
OA
Mean
SD
0.
1.000
0.17
4.
1.725
0.21
24.
2.133
0.41
48.
1.859
0.56
& N8 p, N( v3 t& }+ M! h" S7 H
新建一个数据表,仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值,见下图

! @% P. b& _/ x, ^4 E

; H! ^) `" y, K5 Y; p
0 z5 `8 ?" u( g% E" V4 m; c
在data栏中粘贴数据,如下图
, _: Z6 s# W9 ~5 A% x& y, Z8 h  D

: W+ a4 g8 a3 h5 Z' u  N1 E

/ e$ D/ l9 _& j4 [; ?/ j0 G
  打开Graphs栏目下的Data3,看到软件已经做好了图,稍微调整一下字体的大小,就可以得出下图所示的折线图了:

& ^! a) j/ E) O. s1 [8 r/ N
8 E5 z0 ]1 @9 l& T4 I1 o
1.4 用已经处理好的2组数据做折线比较图
* T, P$ ]4 w* z/ A7 ^* _7 L- b
  如果要用Table4所示的两组已经处理好的数据作图,步骤和1.3的一样。
$ R8 d! x8 B' C/ |- D! C

  ~6 N  K" X5 q5 e) o, k

0 B5 U5 Q2 G: ]" ^
  仍然选择XY图(XY graphs),告诉软件你输入的是计算好的值,见下图:

( Y0 r8 [5 ~, _& {
" U1 n7 N3 l$ K- i% A

: L! u: m9 Z+ s& y* m" W7 g
  将数据粘贴进去

2 ^8 F) T$ S" T
1 p! ~. d1 @6 j0 ]3 Q

1 s1 b% P; b4 B  H( X' P
  软件即时生成的图如下图所示:
+ Q- R3 ?! B! E3 u* s

: ~& N3 v7 h3 ?0 b( l. v  t
  I0 `3 o3 j$ O0 }! m0 m; \
折线图的处理讲完了,简单吧,让我们来看看柱状图怎么做
. J7 [5 a) [3 V- Y+ W( k
2. 柱状图
9 v8 l& M) R2 C  i# Q3 i
  柱状图可以很直观地表示出不同组别之间的数值差异,和折线图不同的一点是它的X轴对应的是组别而不是数值,因此在GraphPad分类栏的选择上也有所不同,见下文的实例
8 G7 b& E5 o, O  t( ?! n3 f) Q
2.1根据Table 5的原始数据做柱状图

3 ^, A# C7 {8 C+ \0 L& c) ?0 W
Table 5
Control A
Control B
Sample1
0.942
0.717
Sample2
0.846
0.836
Sample3
0.691
0.653
Sample4
0.515
0.483

: V( v1 ^) P* s9 d
  选择Column graphs栏,因为该栏默认输入的都是原始数据,因此没有输入样本数的地方,只需选择数据处理类型为(Mean&SD), 如下图。

' C0 }0 K" B3 ^) v: ]* ]; d
; `7 f) E3 C: O2 _2 ?% y3 A& L
# A* L4 s9 d9 S, Y
在Data分栏中输入以下数据

3 {5 x# K2 ^" r$ i

9 S9 |! F& u  d( N. o: N: e) T- ?5 v
' R: O6 h/ J* [- [8 R$ E
软件就会自动帮你算出均值和误差值,并做好柱状图,见下图:
9 n% [& q5 K* q% J& J! W

1 J1 L) X9 d; t. F
2.2 根据Table6的原始数据做两组数据比较的柱状图
' a* V0 H3 r8 ]% g
Table 6
Group A
Group B
Control
0.942
0.846
0.691
0.515
,
0.717
0.836
0.653
0.483
Treated
0.408
0.367
0.342
0.231
0.451
0.409
0.335
0.196
3 c0 R/ L) h/ u$ _
  这次因为涉及到两组数据比较,所以我们选择grouped栏,图表类型选择柱状图,因为Grouped栏并不是像Column graphs栏一样默认输入的是原始数据,因此有输入样本数的地方,这边的样本数是4,因此我们相应地设置样本为4,见下图:

9 `$ x, J! a9 ?# ?9 X8 S/ C2 U

- s0 C6 Y/ h$ d  ]9 q

3 q5 E; W0 a) H) u, R
  在Data分栏中输入以下数据

/ I% ]6 y# I8 P( K

" ^# T" f! Q- G
; l$ ~- V% g1 ]6 W; i3 e( S
  软件会自动帮你做好一幅漂亮的分组柱状图,如下图。
8 U% w' ?2 S5 w6 _
' f" u  F$ O6 Z) s' s
2.3如果你的数据是已经处理过的数据也可以直接导入或拷贝到Graphpad,现在我们用Table7中的数据做一个柱状图
% C4 r. }: U: p9 I, S8 [" H$ D- k
Table 7
Control
Mean
SD
A
1.000
0.17
B
1.725
0.21
C
2.133
0.41
D
1.859
0.56

% H6 v3 a! q: j! ]( C
  仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的,如下图
$ Y( ]1 q* h* Q9 f" o2 O
7 N8 {( d' X& l8 X

! D! X; B* L1 p
  软件及时生成柱状图,如下图
8 f1 g$ U! Y1 P/ R' x

& W) E% `1 V9 f6 w. P
2.4 用两组计算好的数据做一个两组比较的柱状图
, v) V3 ?: b  O3 S) W
用Table 8的数据做成两组比较的柱状图
6 X1 F% f2 h. ]/ \
Control
Treated
A
1.000
0.17
3.604
0.31
B
1.725
0.21
2.534
0.43
C
2.133
0.41
3.381
0.74
D
1.859
0.56
3.913
0.93
0 U; I: P/ v9 s$ o9 Q1 A4 z
  操作步骤和2.3一样,只需多输入一组数据,仍然选择Grouped栏,告诉软件你输入的值是已经计算好的,如下图
) H) T9 {; A8 p! A$ ~! [

' ?; f0 ^1 x7 k

" m% z% Y1 C" S  U
在data栏中输入数据

0 n6 W* F& h/ N& T0 [

- l. [* f% z+ f# w# G9 c

! g/ ?' m5 {5 f$ c& Z
软件即时生成的图如下图

# ~- f" }% z* L5 e
: n& |8 W3 Y3 E! g! i: D

, _4 }6 S! }+ u4 y4 e( i
折线图和柱状图的处理都讲完了,在graphpad数据表类型的选择上小编总结出了2条规律:
7 e2 D* n& b2 }& B
一、折线图,散点图这种有一一对应的X,Y值一般都选择XY栏
二、柱状图,箱型图这种有组别的数据需要用软件计算的选择column栏,处理加工过的数据一般选择group栏。
" g1 l! o9 Q; o' u
3. 组合和导出图片

; {, J" n# {0 M$ O0 t7 q
点击layout栏,出现下图所示界面

6 _8 a, h- H- s  n, l3 j( n& n% K

; u+ v" R& a9 [

! E$ v0 p0 k4 G% _8 |. k

6 p; x9 ^2 i7 ^, R# |2 Q+ |
  根据你的图片的数量,选择合适的布局,下图选择的是6张图分成3排排列
( ]3 l: @/ E; X  F+ d9 X
. u$ M* b& z( m' ]  y

# }$ ~/ I, a& E; B
  将做好的图片拖到对应的方格中,用添加文章工具加入图片编号,完成后如下图所示
5 e& m5 {3 T3 y1 C7 X" r

7 P4 c# L: c+ P2 v* \/ Q3 e

9 b+ W( X6 }& h4 V9 j+ x9 N2 X
  然后导出图片:点击File目录下的Export,出现下图所示的界面,选择好符合相关SCI杂志要求的格式,分辨率和宽度,如下图
/ o& e) G5 V' o
0 `, _) c# D( N( f% H3 f6 l$ ?

, w% r* Z/ N% C5 C# z/ [; S
  点击ok,一张漂亮的可以直接拿去投稿的组合图就做好了,见下图

% }1 Q# K1 k4 q4 Q
0 h% ]& ^' c0 U7 q/ M4 C

作者: 满清帝国    时间: 2015-5-13 08:55
补充,对于样本量少于5的Groups图,不建议做柱状图,而应该做散点图。
作者: walkundersky    时间: 2015-5-13 09:12
满清兄有心了,前几天刚聊到这个软件,就分享出教程了!
% c9 d8 u& V/ H, A# j' {
6 Y) b; Y& V, P% `# O5 D, C: ^; M. L
比起SAS、SPSS来说,这个GraphPad Prism易学易用,建议微信号推广一下         
作者: 满清帝国    时间: 2015-5-13 09:25
walkundersky 发表于 2015-5-13 09:12
" |5 B5 y! {1 Z4 ?0 G% B满清兄有心了,前几天刚聊到这个软件,就分享出教程了!

* B" \! E, k0 D* e刚好微信圈有这个,就转过来了。
作者: qupanke    时间: 2015-5-13 17:01
很棒的软件啊!表示喜欢!




欢迎光临 中国病毒学论坛|我们一直在坚持! (http://bbs.virology.com.cn/) Powered by Discuz! X3.2