[转移贴]用Excel对大批量测序结果截取引物对之间的序列的...

hantavirus

原贴由smallyyw发表于 2008-5-20 17:12

我们在平时科研中，经常遇到这样的情况，我们利用pcr扩增了很多序列，并克隆到T载体（或其他载体）中测序，等测序结果出来后，上下游引物之间序列就是我们所需要的序列，但是，如果采用传统的方法截取所需序列，其工作量非常巨大，在这里，我利用几个嵌套函数，解决了这一问题，大家使用时只需将上下游引物反向互补后放到相应位置即可。

寻找上游引物处的函数：=IF(ISERROR(FIND("上游引物正义链",B2,1))=TRUE,FIND("上游引物反向互补连",B2,1),FIND("上游引物正义链",B2,1))；
寻找下游引物处的函数：=IF(ISERROR(FIND("下游引物正义链",B2,1))=TRUE,FIND("下游引物反向互补连",B2,1),FIND("下游引物正义链",B2,1))；
目的序列截取处的函数：=IF(C2>D2,MID(B2,D2+下游引物长度,C2-(D2+下游引物长度)),MID(B2,C2+上游引物长度,D2-(C2+上游引物长度)))
其中B2指测序结果所在的单元格。
具体范例见附件。
然后即可把序列存成Fasta格式，在ncbi中Blast即可。
以上为个人原创，所有权归smallyyw所有，转贴请注明！
若有不明之处，可发贴提问，我将不厌其烦，呵呵！
序列截取范例.rar (2.55 KB)
下载次数: 86
2008-5-20 17:12


感谢版主的鼓励！我会把我的Excel在我们生物学研究中数据处理的一些技巧和心得整理后陆续发上来！比如：重复性搜索（用于从大量的数据里面搜索不重复的数据和序列）、断层图的制图方法（用于将差距很大的数据在一个图表上表示出来，非常有用，很多发表的文章都有这种图，但不好制作，我会详细介绍）等。请大家期待！