[转移贴]在线预测和分析基因启动子（promoter）

hantavirus

原贴由jingshuilxy 发表于 2009-3-27 19:44，因是转移贴，其中部分链接未验证有效性。

一般在公共数据库中，如NCBI、UCSC、Ensembl给出的人类基因序列都没有对基因进行详细的标注。不过，有很多在线工具，可以预测和分析基因序列上的启动子、内含子、UTR区等。在这里就简单总结收集一些网站，备用。

1. NCBI上的Finding Promoter （NCBI推荐的）

（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/NAWBIS/Modules/DNA/dna21b.html）

Promoter Scan from the Bioinformatics and Molecular Analysis section of NIH.

TFSearch from the Computational Biology Research Center of Japan.

DRAGON Gene Start Finder from the DRAGON Genome Explorer site.

2. Promoter 2.0 Prediction Server （http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/）

Promoter2.0 predicts transcription start sites of vertebrate PolII promoters in DNA sequences. It has been developed as an evolution of simulated transcription factors that interact with sequences in promoter regions. It builds on principles that are common to neural networks and genetic algorithms.

3. TFSEARCH （http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html）

Searching Transcription Factor Binding Sites (ver 1.3)

4. Neural Network Promoter Prediction (伯克利大学)

（http://fruitfly.org:9005/seq_tools/promoter.html）

5. The Markov Chain Promoter Prediction Server(杜克大学)

（http://tools.genome.duke.edu/gen ... ter/McPromoter.html）

6. Neural Network Promoter Prediction (BIosino：中国生物信息 )

（http://promotor.biosino.org/）

7. Core-Promoter Prediction Program （by Michael Zhang）

（http://rulai.cshl.org/tools/genefinder/CPROMOTER/human.htm）