荧光定量PCR引物设计：对于mRNA transcript variant问题的处理

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在进行荧光定量PCR设计引物前，我们在NCBI上查mRNA时，经常会遇到transcript variant，对于mRNA transcript variant，问题的处理我发表一下几点个人的意见，希望更多地人进行补充：

1、不同的transcript variant在功能和作用上可能相近或者相反，这个要查文献资料才能够了解知道你真正需要的哪一个transcript variant，需要用荧光定量PCR检测哪一个transcript variant的表达。

2、首先你要对了解你需要做什么方面的研究，了解这个基因的结构，通过DNAMAN比对，找出共同的基因以及不同的基因序列，例如，一个基因可能有两个transcript variant，这两个transcript variant包括不同的外显子，第一个1、2、4，第二个1、2、8，通过DNAMAN比对，找出共同的基因序列为1、2，不同的为4和8

3、其次，如果你想检测基因总体的表达水平，你就要将引物设计在他们共同的区域，即1、2外显子区。如果你想检测某个transcript variant的表达，你的引物至少一条因该落在transcript variant的不同基因序列区域

4、最后，如果你想在ncbi上查找某个基因的mRNA的完整序列的时候，最后输入基因名字+complete cds，这样可以尽量避免transcript variant的出现

本文来自中国生命科学论坛，原文地址：http://www.cnbiosci.com/thread-23-1.html

想检测整个基因的表达（不管表达的是哪一个剪切体）还是只想检测3个剪切体中的 一个！
因为有的基因，其不同的选择性剪切体的表达有组织特异性！(tissue-specific expression)。
因为不同的选择性剪切体编码不同的蛋白质，其行使的功能不一样！
检测整个基因的表达－－做RT-PCR时，针对3个剪切体共有的序列设引物！
检测某一选择性剪切体的表达－－－－针对该剪切体独有的序列设计引物！
不同剪切体的序列可以在NCBI上找到！


要研究的一个基因有多种转录变体（transcript variant），如何设计引物来分析基因的表达情况？
我要研究的一个基因有多种转录变体（transcript variant），如何设计引物来分析基因的表达情况？

其他回答
具体的中文怎么表达我不清楚，不过mRNA有transcript variant 表明最终翻译表达的蛋白可能有不同的isoform，这些isoforms有同样的名称，他们的基因名称一样。比如一个m基因，它的mRNA有2个transcript variant ：transcript variant 1和transcript variant 2，表达的蛋白是M，有两个isoforms，分别是 M isoform 1和M isoform 2（也许会有通用的不同后缀，如α，β等）。它们也许在功能上作用相似，或不同，要查具体的资料才知道。要看你的具体需求确定需要哪个transcript variant ，或者直接找所有transcript variant 的相同序列（如果是设计引物的话）。

其他回答
如果是针对总的基因表达产物，可以寻找变体的共有序列（common sequence）——针对共有RNA序列的特异性探针和针对共有多肽序列的特异性抗体，分别用于检测mRNA表达水平和蛋白质水平。
如果是想检测某个剪接变异体，可以针对其特有序列设计探针、制备抗体。