关于PCR和引物设计的几个困惑

randomqd

多谢楼主分享！

ipsvirus

你是做什么PCR？普通的扩增鉴定，还是realtime PCR？
不过从你的问题来看好像是扩增鉴定，
1.通用引物是一方面，保守区一般不会发生突变，对于扩增一些病毒的高变基因，如流感HA来说，这样设计引物就可以避免人为覆盖掉突变区域，甚至因突变导致的不能扩增等。
2.SNP是单个核苷酸突变，对于引物来说没有关系，能扩增出来，但是就像在1中说的，你设计的引物会人为覆盖掉突变区域，扩增出来的都是你的引物上的核苷酸。
3.基因组DNA的PCR应该也没有什么特别的地方吧，我也没做过，做的都是cDNA。基因组大，可能对你的引物特异性要求更高。