Nat Genet：大数据分析揭示HCV如何与人宿主相互作用

Jianbo

一项针对丙型肝炎病毒（HCV）和500多名HCV感染者的大数据研究有助更好地理解这种病毒如何与它的人宿主相互作用。

来自英国、瑞士、美国、加拿大、比利时和瑞典的研究人员首次开发出一种方法来分析和比较HCV的遗传组成，以及500多名HCV感染者的遗传组成。通过一起加以研究，这将让研究人员对HCV和人基因组如何与这种病毒相互作用并且改变这种病毒提供新的见解。相关研究结果于2017年4月10日在线发表在Nature Genetics期刊上，论文标题为“Genome-to-genome analysis highlights the effect of the human innate and adaptive immune systems on the hepatitis C virus”。论文通信作者为来自英国牛津大学的Ellie Barnes教授和Chris Spencer博士。

病毒性肝炎是全世界死亡和残疾的主要原因之一，2%～3%的世界人口被认为感染上HCV。在英国，据估计，有30万人感染上这种病毒。很多人并没有意识到他们感染上这种病毒，未接受治疗，从而导致肝病和肝癌。

Barnes说，“这是首次利用一项大数据研究一同探究了一种病毒和它的宿主。我们鉴定出人基因组中的两个位点，在这两个位点发生的调节着我们的免疫系统的遗传变异影响这种病毒的遗传多样性。”

“可用的新药物能够清除HCV感染，但是它们是非常昂贵的，而且当前对它们的获得是受到限制的。这些药物也比其他的药物不难么有效地治疗存在的7种HCV毒株中的一些毒株导致的感染。这突出强调了理解这种疾病的遗传基础在未来开发新的疗法中的重要性。”

“在15年内，对HCV等致病性微生物的DNA测序将变成健康医疗的一个常规的部分。这种信息能够被用来调整每名病人的疗法，从而有助确保这些病人服用最好的药物或在恰当的时间里最有可能控制这种感染或者从这种感染中康复过来。”

STOP-HCV是由英国医学研究委员会（MRC）资助的和在英国牛津大学领导下的一个全国联盟。该联盟的研究人员正在开发大的遗传数据集以便改善HCV疗法，和更好地理解HCV感染的生物学特征。

这项研究特别关注了随着时间的推移改变HCV的两个人基因位点。

人基因组的一个位点（即HLA基因，编码人白细胞抗原分子）揭示出HCV基因组中试图发生突变来逃避人免疫系统识别的那些序列。这些研究人员利用这些数据绘制出HCV基因组的这些选择性压力的图谱，从而能够被用来找出对这种病毒存活至为关键的弱点。这些弱点能够被作为开发新的疗法或疫苗的靶标。

这项研究关注的人基因组的第二个影响这种病毒的位点激活在一些人体内被关闭的一个免疫基因（编码干扰素-λ先天免疫系统中的组分）。激活这个基因的影响是改变病人血液中存在的HCV病毒数量。

对病人的DNA和HCV的DNA的大规模分析将为研究人免疫系统天然地对HCV感染作出反应的方式和这如何影响病毒进化提供机会。

参考文献：M Azim Ansari, Vincent Pedergnana, Camilla L C Ip et al. Genome-to-genome analysis highlights the effect of the human innate and adaptive immune systems on the hepatitis C virus. Nature Genetics, Published online 10 April 2017, doi:10.1038/ng.3835

（生物谷）