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[转移贴]用Excel对大批量测序结果截取引物对之间的序列的...

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发表于 2015-6-9 13:28:53 | 只看该作者 回帖奖励 |正序浏览 |阅读模式
原贴由smallyyw发表于 2008-5-20 17:12

我们在平时科研中,经常遇到这样的情况,我们利用pcr扩增了很多序列,并克隆到T载体(或其他载体)中测序,等测序结果出来后,上下游引物之间序列就是我们所需要的序列,但是,如果采用传统的方法截取所需序列,其工作量非常巨大,在这里,我利用几个嵌套函数,解决了这一问题,大家使用时只需将上下游引物反向互补后放到相应位置即可。

寻找上游引物处的函数:=IF(ISERROR(FIND("上游引物正义链",B2,1))=TRUE,FIND("上游引物反向互补连",B2,1),FIND("上游引物正义链",B2,1));
寻找下游引物处的函数:=IF(ISERROR(FIND("下游引物正义链",B2,1))=TRUE,FIND("下游引物反向互补连",B2,1),FIND("下游引物正义链",B2,1));
目的序列截取处的函数:=IF(C2>D2,MID(B2,D2+下游引物长度,C2-(D2+下游引物长度)),MID(B2,C2+上游引物长度,D2-(C2+上游引物长度)))
其中B2指测序结果所在的单元格。
具体范例见附件。
然后即可把序列存成Fasta格式,在ncbi中Blast即可。
以上为个人原创,所有权归smallyyw所有,转贴请注明!
若有不明之处,可发贴提问,我将不厌其烦,呵呵!
序列截取范例.rar (2.55 KB)
下载次数: 86
2008-5-20 17:12


感谢版主的鼓励!我会把我的Excel在我们生物学研究中数据处理的一些技巧和心得整理后陆续发上来!比如:重复性搜索(用于从大量的数据里面搜索不重复的数据和序列)、断层图的制图方法(用于将差距很大的数据在一个图表上表示出来,非常有用,很多发表的文章都有这种图,但不好制作,我会详细介绍)等。请大家期待!

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