如何处理transcript variant 的问题

hantavirus

原贴由neway127发表于 2011-11-18 22:58

在这里还很久睡不着呢  。。就把这一普遍问题补充上来。。总结一下。。希望对大家有用，同时也欢迎大家指正，拍砖，补充。。。。

关于transcript variant 有这样的几种途径来处理：
第一，不同的transcript variant ，它们也许在功能上作用相似，或不同，要查具体的资料才知道。要看你的具体需求确定需要哪个transcript variant ，或者直接找所有transcript variant 的相同序列（如果是设计引物的话）。表达分析，你只要针对你感兴趣的转录本设计引物即可，不必要扩增整个转录本的全长。或者，在这5个转录本的共同区域设计一段探针，用核酸杂交来看你的所有转录本的总表达强度。

第二，Firstly of all, you should know what you want to dectect.
for example, one gene has 2 spliced forms (transcript variants), but contain differenent exons, the first variant contains exon 1, 3, and 4, the second contains exon 1, 2, and 4. so if you want to detect the total level of this gene, you should design the primer to clone the sequence of exon 1 or 4, if you want to dectect just variant 1, you should design the primer based on exon3. others just like this.

第三，比较不同的transcript variant ，区分出来具体的外显子1、2、3...........，再针对相应的exon来设计引物，扩增自己需要的。。

第四，自己原创。。在搜索相关基因的相关序列的时候，在基因名字后面加上complete cds，这样或许会避免transcript variants 。。。有这个体会呢 。。哈哈哈