Nature：基因组测序发布重要发现

bestar

http://nature.bio1000.com/genomics/201506/1781.html

来自巴斯德研究所(Institut Pasteur)、法国国家科学研究中心和悉尼大学的科学家们，通过对在几内亚流行的埃博拉病毒株进行基因组测序，追踪了病毒的传播，并监测了这一国家的病毒进化情况。

研究揭示出有三种不同的病毒变种在几内亚，尤其是首都的城市区域和附近的市镇同时传播，研究人员在发表于6月24日《自然》(Nature)杂志上的一篇文章中描述了这三种病毒变种的突变。鉴别出埃博拉病毒遗传变异的特征，对于确保诊断工具持续发挥效力，及开发出有效的治疗和疫苗具有至关重要的意义。

埃博拉疫情在西非已持续了一年多，已报道27,341例病例，其中11,184人死亡。这场疫情已被查明起源于几内亚东南部的一片森林地区，从那它快速传播到了首都、科纳里克(Conakry)及周边国家。2014年3月，巴斯德研究所在达喀尔医院建立了一个移动实验室，为整个几内亚提供诊断服务。

监测埃博拉病毒基因组的进展是开发出更好的治疗策略，设计有效的疫苗以及确保诊断工具持续地发挥效力的关键。为此目的，巴斯德研究所、法国国家科学研究中心和悉尼大学的科学家们鉴别了在2014年7月-11月间在几内亚流行的埃博拉病毒株的特征，为国际社会抗击这一疾病付诸的努力做出了贡献。

通过对只包含少量生物物质的稀少样本进行病毒测序，分析这些序列揭示出了有三种不同的病毒变种在几内亚同时流行，显示出与塞拉利昂和利比里亚观察到的非常不同的动态。

第一种病毒变体GUI-1与2014年3月疫情开始爆发时采集的病毒关系密切。这一变体只存在于几内亚的城市和森林地区。

第二种病毒变体GUI-2与在塞拉利昂流行的病毒有关联，有可能对应了在几内亚的平行进化。这些序列揭示出了在2014年10月和11月导致埃博拉病毒两次独立地输入马里共和国的一个缺失的环节。

第三个病毒变种被确定存在于科纳克里和周边城镇。这一病毒变体与在塞拉利昂发现的病毒显著相似，结合流行病学资料，表明来自塞拉利昂的埃博拉病毒多次重复输入到了科纳克里的周边地区。

每种变体均是通过突变组合来进行定义，这些突变组合影响了不同病毒蛋白，特别是VP35蛋白(有可能是一种毒力因子)，病毒包膜糖蛋白(有可能改变了免疫系统感知病毒)，或通常更为保守的病毒区域聚合酶。

尽管这项研究突显出了在疫情传播期间在几内亚流行的病毒的遗传多样性，它也表明了突变率在从前描述的这类病毒的突变率范围内。监测病毒变异有力补充了回顾传播链的流行病学研究，将促成在面对潜在的新疫情时制定出更具针对性的应对策略。最后，有关埃博拉病毒遗传变异的研究还将帮助优化开发中的疗法和疫苗。

原文标题：Distinct lineages of Ebola virus in Guinea during the 2014 West African epidemic

原文摘要：An epidemic of Ebola virus disease of unprecedented scale has been ongoing for more than a year in West Africa. As of 29 April 2015, there have been 26,277 reported total cases (of which 14,895 have been laboratory /confirm/ied) resulting in 10,899 deaths1. The source of the outbreak was traced to the prefecture of Guéckédou in the forested region of southeastern Guinea2, 3. The virus later spread to the capital, Conakry, and to the neighbouring countries of Sierra Leone, Liberia, Nigeria, Senegal and Mali1. In March 2014, when the first cases were detected in Conakry, the Institut Pasteur of Dakar, Senegal, deployed a mobile laboratory in Donka hospital to provide diagnostic services to the greater Conakry urban area and other regions of Guinea. Through this process we sampled 85 Ebola viruses (EBOV) from patients infected from July to November 2014, and report their full genome sequences here. Phylogenetic analysis reveals the sustained transmission of three distinct viral lineages co-circulating in Guinea, including the urban setting of Conakry and its surroundings. One lineage is unique to Guinea and closely related to the earliest sampled viruses of the epidemic. A second lineage contains viruses probably reintroduced from neighbouring Sierra Leone on multiple occasions, while a third lineage later spread from Guinea to Mali. Each lineage is defined by multiple mutations, including non-synonymous changes in the virion protein 35 (VP35), glycoprotein (GP) and RNA-dependent RNA polymerase (L) proteins. The viral GP is characterized by a glycosylation site modification and mutations in the mucin-like domain that could modify the outer shape of the virion. These data illustrate the ongoing ability of EBOV to develop lineage-specific and potentially phenotypically important variation.