DNA和RNA的OD值

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1. 原理
嘌呤碱和嘧啶碱具有共轭双键，使碱基、核苷、核苷酸和核酸在240~290nm的紫外波段有一强烈的吸收峰，因此核酸具有紫外吸收特性。DNA钠盐的紫外吸收在260nm附近有最大吸收值（图3-25），在230nm处为吸收低谷，其吸光率（absorbance）以A260表示，A260是核酸的重要性质，RNA钠盐的吸收曲线与DNA无明显区别，蛋白质在280nm处有最大的吸收峰，盐和小分子则集中在230nm处，对于纯的核酸溶液，测定A260，即可利用核酸的比吸光系数计算溶液中核酸的量，核酸的比吸光系数是指浓度为1μg／mL的核酸水溶液在260nm处的吸光率，天然状态的双链DNA的比吸光系数为0.020，变性DNA和RNA的比吸光系数为0.022。据朗波－比尔光吸收定律A＝-lgT＝εbc知，c＝A/εb，而b通常为1cm，所以，通常以1OD值相当于50μg／mL双螺旋DNA，或40μg／mL单螺旋DNA（或RNA），或20μg／mL寡核苷酸计算。
2.  纯度
DNA和RNA的纯度可以通过测定260nm，230nm和280nm的紫外吸收值来测定，纯的DNA OD260／280在1.8-1.9，OD260／230应大于2.0，纯的RNA OD260／280在1.9-2.0，如果DNA比值高于1.8-1.9，可能有RNA没有去除干净，如果DNA比值小于1.8-1.9，可能含有酚或者蛋白质（RNA中含有酚或者蛋白质比值也会降低），若OD260／230小于2.0说明有残存的盐或小分子杂质污染。
3. 浓度
DNA和RNA的量，据朗波－比尔光吸收定律A＝-lgT＝εbc知测量样品的浓度为c＝A/εb，又知ε＝0.020，在b＝1cm的情况下，c＝A/（0.020×1）＝50×A，则未稀释的样品的浓度为50×A×稀释倍数（μg／mL）＝50×A×稀释倍数/1000（mg／mL）4. 注意事项：
1)  比色杯应为石英杯，玻璃杯在此波长时读数不准。
2)  检测时应使OD260值在 0.15 到1.0之间，数值比较准确。
3)  这种比值测定的方法仅仅适用于核酸浓度大于0.25ul／ml的时候，浓度小于0.25ul／ml的时候测量误差较大。
4)  既含有RNA又含有蛋白质也可能使比值维持在1.8，这个时候要根据电泳情况鉴定是不是含有RNA，或者测定一下是不是含有蛋白质；
5)  A260/A280比值可提供DNA纯度的一个参考，但A260/A280 比值会受pH影响。如果未调pH，比值可能与实际差别很大。如果需要准确数值，建议在10 mM Tris Cl, pH 8.5中检测，此时纯净的DNA A260/A280比值应为1.8-2.0（注意应使用同样缓冲液作为对照）。
6)  进行OD值测定时，分光光度计上显示的数值为每毫升溶液中的OD值。
7)  可以在220-330 nm 之间进行扫描，此扫描可以检测是否有其它因素影响OD260，如在325 nm 处有吸光值说明有污染物或比色皿不干净。)
8)  DNA的量与260 nm处的吸光度值（OD值）成正比，在引物设计时，1个OD值的合成DNA的重量约为33 mg。