[转移帖] HepG2.2.15中HBV抑制有哪些检测方法

hantavirus

原帖由simmon发表于 2009-9-10 11:36 :

请教：用RNAi技术抑制HepG2.2.15中HBV复制，有哪些方法可以用来检测HBV的抑制效果？

hantavirus

davay 发表于 2009-9-11 09:58 :
做 southern ,这个是金标准！

hantavirus

yaoming发表于 2009-9-26 20:49 :
To simmon

么还在用RNAi这种策略抑制HBV复制呢，请问你的设计难道有什么特别之处吗？

至于怎么检测抑制效果。当然首先要检测RNA，再检测DNA，有这两项指标就足够了，当然你最好必须用分子杂交技术，PCR结果不太可信！  

hantavirus

simmon 发表于 2009-9-27 22:51:
采用从文库中筛选，能够对HBV有抑制作用的序列，细胞模型用的Hep2.2.15，需要快速高通量的方法，了解那个干扰序列有作用

hantavirus

yaoming发表于 2009-9-28 00:55:

To simmon

请问你们在高通量的情况下怎样克服Hep2.2.15低转染效率的问题？

hantavirus

simmon 发表于 2009-9-28 07:50 :

用反向转染，用荧光标记后，转染效率还是可以的

hantavirus

hantavirus 发表于 2015-8-22 11:31
yaoming发表于 2009-9-26 20:49 :
To simmon

shellyalun 发表于 2009-9-28 11:53 : yaoming
弱弱的问下，RNAi抑制HBV是有什么缺陷吗？为什么那么说呢？

hantavirus

yaoming 发表于 2009-9-28 23:03 :

To shellyalun

因为采用该策略抑制HBV复制已经有很多文章了，所以就是一个新意的问题。

至于缺陷，可能RNAi在细胞内短时间有抑制效果，如果想进一步走，比如上动物，基因的转导效率，靶向性，长期的有效性（耐药）等都是问题。  

hantavirus

simmon 发表于 2009-9-29 08:01:

To yaoming


请问yaoming兄了解的，做HBV的RNAi的是通过哪些基因的，我们打算做的是polymerase，因HBV基因重叠比较多，也就可能抑制其它在该区域的基因了。另外，也了解siRNA可以通过TLR及包内的RIG1途径激活innate immunity

hantavirus

yaoming 发表于 2009-9-29 23:27 :

To shellyalun
当然是HBV core particle DNA 啊。具体的protocol当然有，但是自己做的时候不那么容易，还是自己要摸索一下。


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To simmon

我是这么想的，考虑到pregenomic RNA在HBV复制中的重要性（一方面他是HBV逆转录的模板，另外一方面可以编码Pol和Core蛋白）选择pregenomic RNA作为干扰对象是好的。事实上pregenomic RNA覆盖了HBV genome的全部。
但是到底是设计在重叠区还是在非重叠区，我想还是让实验去证明。你都可以尝试一下。毕竟HBx等对复制也是促进的。  

另外你提到的，有些RNAi在一定条件下能产生干扰素效应，这个其实还是有一定的争议，但是你必需要考虑到这种可能性。